COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 5.381092 5.381092 5.421759
2021-05-29 17:00:00 4.844236 4.844236 5.463729
2021-05-28 17:00:00 5.163768 5.163768 5.550016
2021-05-27 17:00:00 5.687444 5.687444 5.675728
2021-05-26 17:00:00 5.079672 5.079672 5.767648
2021-05-25 17:00:00 4.623946 4.623946 5.830307
2021-05-24 17:00:00 7.429066 7.429066 5.995991

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 5.263158 5.263158 5.298800
2021-05-29 17:00:00 5.334627 5.334627 5.328737
2021-05-28 17:00:00 4.261645 4.261645 5.440063
2021-05-27 17:00:00 5.079365 6.054872 5.495966
2021-05-26 17:00:00 6.208843 6.208843 5.569343
2021-05-25 17:00:00 2.962963 3.762935 5.476978
2021-05-24 17:00:00 5.281690 5.518868 5.318572

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 7.949791 20.083682 13.482308
2021-05-29 17:00:00 10.747664 10.747664 13.452402
2021-05-28 17:00:00 18.210863 18.210863 13.435506
2021-05-27 17:00:00 13.022113 13.022113 13.312375
2021-05-26 17:00:00 13.121272 13.121272 13.246609
2021-05-25 17:00:00 10.288066 10.288066 13.275537
2021-05-24 17:00:00 3.448276 12.500000 12.852430

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 7.037975 7.037975 5.511926
2021-05-29 17:00:00 5.789990 5.789990 5.510993
2021-05-28 17:00:00 4.502573 4.502573 5.678322
2021-05-27 17:00:00 6.661865 6.661865 5.940931
2021-05-26 17:00:00 6.231003 6.231003 6.104329
2021-05-25 17:00:00 3.840925 3.840925 6.126183
2021-05-24 17:00:00 5.733006 2.674818 6.080757

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 5.404267 5.404267 5.404660
2021-05-29 17:00:00 4.015528 4.015528 5.438452
2021-05-28 17:00:00 6.497752 6.497752 5.503931
2021-05-27 17:00:00 5.692012 5.692012 5.665080
2021-05-26 17:00:00 5.364283 5.364283 5.727968
2021-05-25 17:00:00 5.516685 5.516685 5.806750
2021-05-24 17:00:00 19.599218 4.650084 6.010021

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 11.156782 11.156782 12.313024
2021-05-29 17:00:00 12.556054 12.556054 12.262198
2021-05-28 17:00:00 11.476868 11.476868 12.722425
2021-05-27 17:00:00 12.301216 12.301216 13.191755
2021-05-26 17:00:00 8.665377 8.665377 13.285302
2021-05-25 17:00:00 6.945643 12.899051 13.345811
2021-05-24 17:00:00 25.609756 25.609756 13.681806

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 2.784603 2.784603 2.417446
2021-05-29 17:00:00 3.830645 2.353780 2.407204
2021-05-28 17:00:00 1.474719 2.352528 2.431332
2021-05-27 17:00:00 2.588235 2.588235 2.468174
2021-05-26 17:00:00 2.061856 2.061856 2.511659
2021-05-25 17:00:00 2.439024 2.439024 2.556175
2021-05-24 17:00:00 0.468384 2.481752 2.593658

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 4.256622 4.256622 3.389269
2021-05-29 17:00:00 3.857753 3.857753 3.356724
2021-05-28 17:00:00 2.972484 2.972484 3.363077
2021-05-27 17:00:00 3.579574 3.579574 3.395357
2021-05-26 17:00:00 2.578030 2.578030 3.371267
2021-05-25 17:00:00 2.464789 2.464789 3.332550
2021-05-24 17:00:00 5.368634 5.368634 3.295017

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 2.928571 2.928571 3.214480
2021-05-29 17:00:00 3.687050 3.687050 3.221742
2021-05-28 17:00:00 3.473302 3.473302 3.219090
2021-05-27 17:00:00 2.625938 2.625938 3.330628
2021-05-26 17:00:00 3.741153 3.741153 3.410165
2021-05-25 17:00:00 2.485457 2.485457 3.481796
2021-05-24 17:00:00 4.983660 3.247272 3.498247

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 3.772652 3.772652 4.612144
2021-05-29 17:00:00 4.187209 4.187209 4.699797
2021-05-28 17:00:00 4.531121 4.531121 4.797910
2021-05-27 17:00:00 5.162778 5.162778 4.953221
2021-05-26 17:00:00 5.070809 5.070809 5.076423
2021-05-25 17:00:00 4.389777 4.389777 5.153054
2021-05-24 17:00:00 3.570404 4.885602 5.203948

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 5.339486 5.339486 6.023376
2021-05-29 17:00:00 5.511288 5.511288 6.101158
2021-05-28 17:00:00 6.109134 6.109134 6.342412
2021-05-27 17:00:00 8.195849 8.195849 6.605910
2021-05-26 17:00:00 6.629834 6.629834 6.681369
2021-05-25 17:00:00 5.707932 5.707932 6.755073
2021-05-24 17:00:00 12.803532 3.482438 6.670270

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 1.419878 1.419878 1.318282
2021-05-29 17:00:00 0.537634 0.537634 1.277626
2021-05-28 17:00:00 1.633987 1.633987 1.299135
2021-05-27 17:00:00 2.217742 2.217742 1.286927
2021-05-26 17:00:00 2.008929 2.008929 1.307964
2021-05-25 17:00:00 0.282486 0.282486 1.283487
2021-05-24 17:00:00 0.609756 0.257400 1.266387

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 8.450704 8.450704 7.458263
2021-05-29 17:00:00 4.857820 4.857820 7.239469
2021-05-28 17:00:00 7.324365 7.324365 7.257756
2021-05-27 17:00:00 9.190672 9.190672 7.306464
2021-05-26 17:00:00 8.439898 8.439898 7.464748
2021-05-25 17:00:00 4.968944 7.324365 7.616970
2021-05-24 17:00:00 6.463878 6.463878 7.926096

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 4.204204 4.204204 4.268004
2021-05-29 17:00:00 3.269755 3.269755 4.170206
2021-05-28 17:00:00 4.901961 4.901961 4.156384
2021-05-27 17:00:00 5.221339 5.221339 4.194895
2021-05-26 17:00:00 4.433498 4.433498 4.321668
2021-05-25 17:00:00 3.370787 3.370787 4.378708
2021-05-24 17:00:00 8.771930 2.412545 4.314733

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 6.535764 6.535764 5.397326
2021-05-29 17:00:00 2.903917 5.340090 5.485726
2021-05-28 17:00:00 4.704890 4.704890 5.621604
2021-05-27 17:00:00 5.654649 5.654649 5.774402
2021-05-26 17:00:00 6.258941 6.258941 6.009207
2021-05-25 17:00:00 5.873526 5.873526 6.194220
2021-05-24 17:00:00 4.360346 2.038266 6.214906

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 19.230769 55.448718 15.378906
2021-05-29 17:00:00 22.194719 22.194719 15.340094
2021-05-28 17:00:00 9.157509 9.157509 15.288398
2021-05-27 17:00:00 16.608997 16.608997 15.507306
2021-05-26 17:00:00 9.825871 9.825871 15.902370
2021-05-25 17:00:00 13.276956 13.276956 15.867817
2021-05-24 17:00:00 8.852868 8.852868 15.821342

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 3.397508 3.397508 1.685700
2021-05-29 17:00:00 1.158504 1.158504 1.670375
2021-05-28 17:00:00 2.666667 1.487179 1.712809
2021-05-27 17:00:00 1.590909 1.590909 1.749767
2021-05-26 17:00:00 2.094886 2.094886 1.826433
2021-05-25 17:00:00 1.730532 1.730532 1.920130
2021-05-24 17:00:00 3.021148 1.182383 1.995566

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 8.149883 8.817330 6.652012
2021-05-29 17:00:00 6.973374 6.973374 6.574120
2021-05-28 17:00:00 6.206385 6.206385 6.493640
2021-05-27 17:00:00 6.465226 6.465226 6.409288
2021-05-26 17:00:00 5.207610 5.207610 6.452910
2021-05-25 17:00:00 5.530776 5.530776 6.387850
2021-05-24 17:00:00 7.840697 7.840697 6.252010

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 4.166007 4.166007 4.030507
2021-05-29 17:00:00 3.054834 3.054834 4.106363
2021-05-28 17:00:00 4.101935 4.101935 4.212329
2021-05-27 17:00:00 4.330121 4.330121 4.413413
2021-05-26 17:00:00 4.260238 4.260238 4.526987
2021-05-25 17:00:00 3.418124 3.418124 4.621171
2021-05-24 17:00:00 7.531509 3.792570 4.734960

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 11.977186 11.977186 6.544331
2021-05-29 17:00:00 4.304636 4.304636 6.430742
2021-05-28 17:00:00 10.031847 10.031847 6.392414
2021-05-27 17:00:00 3.980100 3.980100 6.353336
2021-05-26 17:00:00 4.915730 4.915730 6.309424
2021-05-25 17:00:00 7.227332 7.227332 6.416314
2021-05-24 17:00:00 5.882353 1.633987 6.279283

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 11.188811 11.188811 9.197332
2021-05-29 17:00:00 12.865497 12.865497 9.412071
2021-05-28 17:00:00 3.361345 3.361345 9.365814
2021-05-27 17:00:00 8.139535 8.139535 9.501438
2021-05-26 17:00:00 7.964602 7.964602 9.672145
2021-05-25 17:00:00 13.548387 13.548387 9.561666
2021-05-24 17:00:00 17.857143 3.496503 9.643620

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-30 17:00:00 7.132668 7.132668 7.644732
2021-05-29 17:00:00 7.197383 7.197383 7.692815
2021-05-28 17:00:00 8.076923 8.076923 7.835625
2021-05-27 17:00:00 8.962963 8.962963 7.986265
2021-05-26 17:00:00 6.052694 9.563098 8.184439
2021-05-25 17:00:00 6.129530 6.129530 8.383486
2021-05-24 17:00:00 11.709602 5.625352 8.390540

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.263158 5.263158 5.298800
Basilicata 7.949791 20.083682 13.482308
Calabria 7.037975 7.037975 5.511926
Campania 5.404267 5.404267 5.404660
Emilia-Romagna 11.156782 11.156782 12.313024
Friuli Venezia Giulia 2.784603 2.784603 2.417446
Lazio 4.256622 4.256622 3.389269
Liguria 2.928571 2.928571 3.214480
Lombardia 3.772652 3.772652 4.612144
Marche 5.339486 5.339486 6.023376
Molise 1.419878 1.419878 1.318282
P.A. Bolzano 8.450704 8.450704 7.458263
P.A. Trento 4.204204 4.204204 4.268004
Piemonte 6.535764 6.535764 5.397326
Puglia 19.230769 55.448718 15.378906
Sardegna 3.397508 3.397508 1.685700
Sicilia 8.149883 8.817330 6.652012
Toscana 4.166007 4.166007 4.030507
Umbria 11.977186 11.977186 6.544331
Valle d'Aosta 11.188811 11.188811 9.197332
Veneto 7.132668 7.132668 7.644732

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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